Capraia ha una lunga ed affascinante storia, caratterizzata dal passaggio di numerose popolazioni. Nel corso dei secoli, infatti, la sua posizione l’ha resa base ideale sia per i traffici commerciali nel Mediterraneo che per la lotta alla piraterie, oltre a farne luogo di rifugio per comunità religiose in fuga da persecuzioni.
Furono i greci nel 1000 a.c. a battezzare l’isola Aegylon, ovvero “terra di capre” mentre l’attuale nome deriva da un termine etrusco che significava “roccia”, etimologia che simboleggia la sua natura di isola vulcanica, aspra e rocciosa. In dialetto capraiese, si pronuncia Capragghja.
E’ possibile che l’isola fosse abitata già nel periodo protostorico, come testimonierebbe il ritrovamento di frammenti di oggetti d’uso quotidiano ma è certo che Capraia fu occupata dagli Etruschi, a partire dal VII secolo, e in seguito dai romani che, intorno al 238 a.C., la convertirono in una base navale per combattere la crescente pirateria cartaginese e ligure.
Nel IV secolo la persecuzione cristiana spinse alcune comunità a rifugiarsi sull’isola. Tra queste, quella dei monaci Zenobiti, che si insediarono a Capraia portando vitigni africani. Furono proprio loro, più tardi, a costruire il Monastero di Santo Stefano. Con l’arrivo dei pirati saraceni, l’isola venne abbandonata dagli abitanti per due secoli, fungendo solo da base strategica per le rotte dei pirati.
Tra il 900 e il 1500 Capraia fu contesa tra pisani, saraceni e infine genovesi che, per fronteggiare le continue invasioni dei corsari ottomani, vi costruirono la Fortezza di San Giorgio e le tre torri di avvistamento, ancora oggi presenti.
I secoli a seguire videro l’invasione corsa e il passaggio da possedimento della Repubblica Genovese a terra francese, coinvolta anche nelle guerre napoleoniche. Con il Congresso di Vienna l’isola venne annessa al Regno di Sardegna: divenne porto franco ed ospitò una manifattura tabacchi. A partire dal 1873 vi venne insediata una colonia penale rimasta attiva fino al 1986.
In seguito alla proclamazione del Regno d’Italia, Capraia divenne parte della provincia di Genova e nel 1925 passò a quella di Livorno. Dal 1989 fa parte del Parco nazionale dell’Arcipelago Toscano.
